La menstruación es la etapa visible del ciclo ovárico, que es orquestado en primer lugar por hormonas secretadas por los ovarios: progesterona y una familia de hormonas llamadas estrógenos. Al inicio de cada ciclo (denominado así por acuerdo el primer día del período de la mujer) comienzan a elevarse los niveles de estrógeno. Después de cinco días, en la medida que su concentración aumenta, comienza a enriquecerse y engrosar la mucosa interior del útero con la llegada de vasos sanguíneos y nutrientes. Esta capa ya engrosada pasa a llamarse "endometrio". Cuando ya está en la mitad del ciclo, tiene lugar la ovulación, que consiste en que el óvulo, que está madurando en el ovario, se libera de su folículo e inicia su camino, desplazándose a través de las trompas de Falopio para ser fecundado por un espermio. En este momento, el folículo del que se liberó el óvulo, comienza a secretar progesterona y también estrógenos. La progesterona hace que el endometrio se hinche más y se incremente aún más el número de vasos sanguíneos, que aportan más sangre y nutrientes. En este momento todo está listo para que ocurra la concepción y el huevo, ya fertilizado, se implante en el endometrio preparado para anidarlo.

Si la fecundación ocurre, los niveles de estrógenos y progesterona continúan incrementándose durante el embarazo. Esto hace que el endometrio se mantenga lo suficientemente grueso como para permitir que evolucione la vida dentro del útero. Cuando nace el niño y la madre comienza a alimentarlo, vuelven los estrógenos y la progesterona a los niveles anteriores y la hormona que inició la lactancia los mantiene inhibidos. Mientras tanto el útero se mantiene quieto hasta que termine la lactancia frecuente. Cuando esto sucede, se gatilla de nuevo el ciclo menstrual.

Si después de la ovulación no ocurre la concepción, caen todas las hormonas ováricas al nivel inicial y comienza la menstruación (expulsión de parte de la mucosa uterina que se había preparado para recibir el óvulo fecundado). La cara interna del útero se divide en tres capas: la capa basal, que se mantiene en forma constante, y dos capas superficiales que se desprenden y recrean con cada ciclo.