Su causa no esta clara, pero se ha relacionado con diversas mutaciones genéticas, lo que sugiere que probablemente no se debería a una determinada mutación, (J.Sebat et al. Science 316, 445 (2007)), sino que a una alteración genética mas compleja, que afectaría globalmente al desarrollo cognitivo. Por ello se ha tratado también de relacionarla con otros síndromes que se manifiesten por alteraciones cognitivas y otras alteraciones del comportamiento. Tal es el caso del síndrome de Rett. Se trata de una enfermedad que no es hereditaria, pero que en cierta forma esta ligada al sexo. Si se trata de un varón, sus síntomas se inician a poco de nacer, después de dos o tres meses, alcanzado cierto desarrollo. De pronto comienza a retroceder, hasta llegar a un grado de profundo retardo físico y mental, para fallecer antes del primer año de vida, por una insuficiencia respiratoria. Si se trata de una niñita, también comienza a deteriorarse durante el primer año de vida, pero a diferencia del varón, su evolución es mas lenta y puede sobrevivir hasta la edad adulta. En el año 1999, Huda Zoghbi, del Baylor College de la Escuela de Medicina de Huston, conectó esta enfermedad con una mutación de un gene llamado MeCP2, ubicado en el cromosoma X. A pesar de ello, no puede decirse que sea una alteración hereditaria, ya que la mutación aparece después del nacimiento. Si se produce en varones, por el hecho de poseer un solo cromosoma X, el niño muere antes de su primer cumpleaños. En cambio en la niñita, al tener dos cromosomas X, y la mutación del gene MeCP2 se produce sólo en uno de ellos, se deterioran pero logran sobrevivir. ("El síndrome de Rett y el desarrollo de las neuronas").